为了防止员工在公司电脑上删除微信，企业可以采取以下措施：
1、安装专业软件：使用专业的企业级监控软件，如企业版微信、钉钉等，这些软件通常具有更高的安全性和权限管理功能，通过这些软件，管理员可以限制员工对某些应用程序的操作权限，包括删除、修改等。
2、权限管理：通过操作系统的权限管理功能，限制员工账户的权限，在Windows系统中，可以设置员工账户为标准用户，而非管理员账户，这样他们就无法随意删除系统程序和应用。
3、定期备份：定期备份公司电脑上的重要数据和应用程序，包括微信聊天记录，这样即使被删除，也能迅速恢复到最近的状态。
4、员工培训：对员工进行培训，强调公司电脑的使用规范和数据保护的重要性，让员工明白删除微信等重要应用可能带来的后果，如影响工作沟通和数据丢失。
5、物理隔离：如果可能，为员工提供一个专用的工作区域，其中只安装必要的工作软件，这样可以减少员工接触到微信等私人应用的机会。
6、监控审计：实施监控审计策略，定期检查员工电脑的使用情况，通过审计日志，可以追踪到任何未经授权的更改或删除行为。
7、使用沙盒技术：在员工电脑上使用沙盒技术，将微信等应用运行在一个隔离的环境中，这样即使应用被删除，也不会影响到系统其他部分。
8、制定规章制度：制定明确的公司规章制度，规定员工在使用公司电脑时的行为准则，对于违反规定的行为，应有相应的惩罚措施。
9、强化身份验证：确保只有经过验证的员工才能访问公司电脑，使用多因素认证，如密码、指纹或面部识别，可以增加安全性。
10、使用远程桌面管理：通过远程桌面管理工具，IT管理员可以远程监控和控制员工电脑，一旦发现不当行为，可以立即采取措施。
通过上述措施的综合运用，企业可以有效地防止员工在公司电脑上删除微信等重要应用，保障企业信息安全和工作效率，企业也应该关注员工的隐私权，确保管理措施不会侵犯员工的合法权益。
